Investigador, director fundador del Centro de Innovación de Microbiomas de la Tierra, y cofundador de American Gut Proyect y la compañía Biota. Fue profesor de química, bioquímica y ciencias de la computación en el instituto BioFrontiers de la Universidad de Colorado. Actualmente es profesor de pediatría, bioingeniería, informática e ingeniería en la Universidad de California en San Diego. Es miembro de la Asociación Americana para el avance de la ciencia, y de la Academia Americana de Microbiología. Las investigaciones en su laboratorio implican los microbiomas de humanos, animales y medio ambiente, gracias a lo cual ha producido muchas de las herramientas de software y técnicas de laboratorio que permitieron la ciencia del microbioma de alto rendimiento. Además, su trabajo ha permitido relacionar microbios con variadas condiciones de salud, mejorando la comprensión de los distintos tipos de gérmenes.